1) אצל הפיברומיאלגים, עולות טענות מסוימות חיוביות לגבי ליקויים נירואנדוקרניים. למרות שלא מובן, ליקוי של המערכת נוירו-אנדוקרינית של ההיפותלמוס- ובלוטת יותרת המוח-ויותרת הכליה
(HHS) יוצרים אי-איזון הורמונאלי שמפריע ליכולת האורגניזם להסתגל ולשמר את ההומיאוסטזיס. מחקרים רומזים ששינוי במערכת הHHS היוצר ירידה בדם של הורמון הגדילה (HGH), של הדהידרואפי אנדרוסטרון , (DHEA) של הקורטיזול והורמונים אחרים, חריף יותר בגלל הכאב הכרוני ונדודי השינה אצל הפיברומיאלגים. מחקרים אחרים מראים שמצב הלחץ הכרוני משפיע על תפקודה התקין של מערכת ה .HHS
2) מומחים שונים מפרשים את הפיברומיאלגיה כ"סינדרום של "syndrome d'amplification sensoriel". הרעיון הינו שחוסר האיזון האנדוקרינולוגי אצל הפיברומיאלגים הוא תוצאה של תהליך חושי לא נורמאלי. העניין מוביל לתגובה מוגזמת, אפילו מזיקה, של כל גירוי סטנדרטי. הגירוי מקושר למוח התיכוני דרך הקרניים הגביים של חוט השדרה, שמסביר בהתאם למומחים, את התגובה החלשה של הפיברומיאלגים לתרופות המשככות כאבים ואנטי-דלקתיים ללא סטרואידים.